Yo tengo un Ecco Tides of Time que también tiene caja de las antigüas y creo que es la caja original. Me consta que los Soleil españoles algunos venían con caja de las viejas también, aunque parece que no todos. Como decía en otro hilo, juegos de inser azul con cajas viejas sí hay por ahí. Especialmente cosas que sean localizadas para un país o para el territorio PAL en general, pero no sólo esos casos. Yo supongo que a partir de cierto momento las cajas nuevas eran del tipo 2, pero seguían teniendo stock de cajas antiguas y las usaban en algunos casos que no sé muy bien diferencias. El Mr Nutz o el Mega Bomberman no tiene ningún tipo de localización especial en Europa, que yo sepa, al contrario que el Ecco Tides of Time o el Soleil. Pero no lo veo descabellado.
Que yo sepa, al menos hay estos tipos de cajas:
- Caja estándar tipo 1: utilizada en América y Europa desde el lanzamiento hasta creo que principios de 1993, en Japón hasta 1994 y al menos en Europa después de esa fecha en tiradas random.
Algunas venían con colgador transparente, pero no sé en qué circunstancias.

(Gracias @Davichi )
- Caja estándar tipo 1 Japonesa: utilizada en Japón desde el lanzamiento. Es igual que la occidental pero no tiene colgador.
Supongo que no tenía colgador para poder usarse indistintamente con apertura por la derecha o por la izquierda. Algún juego, como el Batman, tenían el insert diseñado para abrir la caja por la izquierda.
- Caja estándar tipo 2: utilizada a partir de 1993 en Europa y no sé si en alguna tirada japonesa. Es la que decimos con sujecciones más grandes en un lado y cierre asimétrico. También tiene un reborde en la parte superior para dejar el golgador plegado arriba.
Algunas tienen las sujecciones diferentes
- Caja de Konami: utilizada en juegos de Konami, es una caja standar tipo 1 pero con su logo.
- Caja de Virtua Racing: utilizada sólo por ese juego en todos los mercados. El cartucho era más grande.
La caja tiene colgador, pero falta en mi unidad.
- Caja de Electronic Arts: utilizada por los juegos de Electronic Arts en todos los mercados. La forma del cartucho era diferente, y las sujecciones para el manual son más gruesas (los manuales eran más gruesos, de encuadernación encolada, no por grapas).
- Caja tipo videolub de Electronics Arts: esta nos la acaba de enseñar @Turrutu . Yo la desconocía.


- Caja estándar de cartón americana tipo 1: cuando aquí pasamos a las cajas de tipo 2, los americanos se pasaron al cartón, que tienen también dos tipos. Terribles para su conservación.
Este es el tipo 1, con apertura superior, como las de NES
La foto es de Internet, no tengo ninguno.
- Caja estándar de cartón americana tipo 2: estas son las de segundo tipo, que creo que son las más habituales.

Las hubo con distintos tipos de insert, con la caja interior saliendo por el costado o saliendo por arriba/abajo. Tampoco tengo ninguna yo, la foto es de Internet. Ah, y se pasaron a los manuales completamente en blanco y negro.
- Caja de cartón Sonic & Knuckles: este juego se lanzó en caja de cartón en todo el mundo. Debido a su peculiar forma, el insert es distinto del de las cajas americanas estándar.
La foto es de mi unidad, que está hecha polvo. Es lo que tiene el cartón. El manual va debajo del insert, malmetido como uno pueda…
- Caja de cartón de Accolade: utilizadas por sus primeros juegos en todos los mercados. Estos juegos se lanzaban sin licencia de Sega.

Cada una creo que es diferente. Salieron varios así, como el Turrican, el Ishido, el Star Control y creo que incluso alguna unidad de Bubsy.
- Caja de Accolade: utilizadas por los juegos de Accolade lanzados ya con licencia tras el acuerdo con Sega. La forma del cartucho es diferente.
Esta unidad mía tiene rotas las pestañas de sujección del manual, que eran algo endebles. La forma del colgador también es diferente, como podéis ver.
- Caja de Codemasters: utilizada por los juegos de Codemasters, que tenían una forma diferente.
A esta unidad mía le falta el colgador.
Como veis yo no he sido demasiado exigente conque tengan o no el colgador mis juegos.
(EDITADO con más tipos)