Yo diría que no son incompatibles, los juegos de primera hornada en Neo Geo CD, y juegos tipo shooters van super bien y con música mejorada, es buena opción para magician lord, Aero fighters, ninja comando, y pulstar, por ejemplo y, encima son más baratos, pero es súper mala con algunos juegos por sus cargas.
MVS puedes jugar a la perfección por un precio todavía no excesivamente desmesurado, quitando contadas excepciones, y salvo que colecciones kits, que sería como coleccionar juegos completos de Super Nintendo en precios. Además si tienes arcade puedes pincharlos. Lo único malo de MVS, aparte de no tener la presentación de un AES, es que una base Mvs no es tan estilizada como una consola AES, y para que quede más estética tocará desembolsar pasta en una consolidación de calidad.
AES en 2017, salvo 20-30 juegos, es ya para un 1% de la población, la mitad del catálogo supera ya los 400€ y muchos los 1000€, pero todavía hay títulos muy buenos a precios más normales, como el Shodown 2, fatal fury special, super sidekicks, kof 94 a 2000, magician lord. Pudiendo conseguir los que consideres imprescindibles en MVS o CD.
En resumidas cuentas, con los 3 sistemas puedes tener lo mejor del catálogo a un precio factible. En CD puedes tener la mayoría de los shooters salvo el Blazing star, y los juegos de primera hornada con música arrange, y el Windjammers.
En MVS puedes tener los metal slug, el Neo turf másters y el blazing star, e incluso rascarte un poco bolsillo y comprar un Garou, además es facilísimo saber si un Mvs es original.
Y en AES puedes tener el Shodown 1, 2 y 3, fatal fury special, real bout, fatal fury 3, art of fighting 1 y 2, super sidekicks 2, y algún Kof, e incluso darte algún capricho con algún juego más caro que quieras tener en AES, por ejemplo, shodown 4, real bout 2 o special, y Spin máster.