La saga Mother (o Earthbound) de Nintendo. Me parecen muy buenos J-RPG. Así como Golden Sun.
También me gustaría que regresasen las sagas Sly Cooper y Jak & Daxter. El nuevo Ratchet está muy bien pero molaría ver también una nueva entrega de estas sagas, o un reboot incluso.
Double Dragon 
siempre quiero mas y más…
Cobra Triangle de NES
Lemmings
Final Fight
SOR
Metal Slug
Mario Land
Kirby
Seguro que muchas otras que aun no recuerdo.
Art Of Fighting
Fatal Fury
Final Fight
Gradius/Nemesis
Parodius
Me encantaría que continuaran sacando más juegos de Mr.Nutz, creo que es un juego y un personaje muy aprovechable y que está bastante infravalorado, me parece un juego con unos diseños y una jugabilidad espectacular, por no hablar de su maravillosa música.
No entiendo como no puede tener más juegos. 
Hay montones de sagas clásicas que cuando las veo pienso que deberían tener una continuación, o juegos que igual les vendría bien un remake, pero luego a los pocos segundos pienso en cómo quedarían y simplemente me alegro de tener las versiones originales.
Metal Slug ya ha vuelto.
Mario land, no es una saga como tal, más bien es un título más de la saga Mario. Esta “saga” ha seguido hasta la actualidad con Mario pero distintos nombres.
Kirby sigue muy vivo actualmente.
Idem de SOR con un nuevo título lanzado hace nada y que van a sacar una actualización.
De Kirby tienes una entrega bastante reciente en Switch (Star Allies creo q se llamaba), por lo que como te han comentado está bastante vivo.
Han habido títulos de Kirby prácticamente en todas las consolas de Nintendo hasta la fecha (a excepción del Air Ride de Gamecube, que no es un Kirby plataformero como tal), así que mucha queja no se puede tener 
Advance wars
Thunder force
Parodius
Castlevania estilo metroidvania
He editado por que las que he puesto no eran muy retro XD
Golden Sun
Final Fantasy Tactics
Starfox
Golden Sun
Advance wars
Solo con eso seria inmensamente feliz!
Diría que Tombi, la verdad que a mi el tombi 2 me flipo a niveles exagerados.
Shining Force
por fantasear aunque es imposible que suceda un dodonpachi una segunda resurreccion y muerte
Para mi, por encima de todas serían Klonoa y Warioland. De hecho es muy posible el retorno de Klonoa con una edición “Encore” que al parecer, podría venir con los dos primeros juegos. Bandai-Namco ya hizo un guiño el otro día…
Ojalá vuelvan más pronto que tarde.
Doy por hecho que Silent Hill está de camino y por eso no la incluyo.
Hombre un buen tombi entra suave
Un buen Tombi estaría deluxe la verdad… El 2 me encantó de crío, y el 1 lo jugué ya cuando se empezó a formar el mito sobre esta saga y en fin, grandes juegos con un estilo muy propio.
Si se mantuviera esa jugabilidad 2.5D con gráficos actualizados (quizá algo rollo cel-shading le podría sentar bien), un Tombi 3 sería estupendo.
Medievil, una tercera parte con mundo abierto y todo lo que hay hoy día, sería impresionante
Light Crusader y Story of thor. El light crusader lo haria estilo dark souls en plan isometrico añadiendole toques de misterio y sucesos paranormales y el story of thor lo orientaria hacia el genero beat em up.con toques de rpg.
A mí me gustaría volver a ver la saga Suikoden aunque no veo a Konami por la labor. Por suerte, Rabbit & Bear Studios (donde trabajan algunos de los creadores de varios Suikoden) está desarrollando Eiyuden Chronicle, el cual puede considerarse una secuela espiritual.